Takezô souhaite prendre part à la bataille de Sekigahara pour prouver à son père (déjà mort) qu'il va devenir quelqu'un. Fils de Munisai Shinmen, un samouraï, il pense qu'il pourra rapidement en devenir un. Mais sur le champ de bataille on le considère comme un enfant de la campagne. L'histoire débute à la défaite de son camp. Il est blessé et est laissé pour mort dans la plaine. Il a deux balles dans la cuisse. Il n'a que 17 ans.
Avec son ami d'enfance, Matahachi, il pense retourner à leur village Miyamoto. Mais ils tombent sur une voleuse veuve et sa fille de 16 ans, Okô et Akémi. Elles les recueuillent et les soignent. Matahachi, déjà promis à la belle Otsu, succombe aux charmes de la mère et les 2 garçons restent longtemps avec elles. Takezô, qui commence à en avoir assez, retourne donc seul au village, souhaitant garder le secret de la trahison de son ami à l'égard de sa jeune fiancée Otsu. Mais son retour n'est pas bien vu, car pour tous, il est celui qui a entraîné Matahachi dans la bataille. De plus, il n'a jamais été bien vu dans son village, considéré comme un enfant violent et peu sociable.
Lorsqu'il se rend compte que tout le monde est contre lui, même Osugi, la mère de son meilleur ami, Takezo cherche à fuir dans la forêt. Effectivement c'est l'endroit où Takezo a passé le plus de temps pendant son enfance et son adolescence, il est donc très à l'aise dans ce milieu. Il peut y vivre seul très longtemps. C'est un véritable ours solitaire. Mais les villageois le traquent et souhaitent sa mort.Otsu, elle, est désespérée de ne pas voir revenir Matahachi, et se joint au moine Takuan pour rechercher Takezo. C'est Takuan, aidé d'Otsu, qui le capture. Elle croit qu'une fois retrouvé, il lui dira ce qu'est devenu Matahachi. Ainsi, au lieu de le livrer à une mort certaine (par linchage certainement), il est fait prisonnier et est attaché à un grand cryptoméria. Pendant le temps où il est captif, il réfléchit à ce qu'il est et à sa manière de voir le monde. Dans le manga, sa fuite diffère du roman : Dans "Vagabond", le moine libère Takezo. En échange, il doit quitter le village et changer de nom pour ne pas être reconnu. Il s'appelle désormais Musashi Miyamoto, Musashi étant une autre façon de lire les idéogrammes écrivant Takezō, et Miyamoto, le nom de son village natal. (C'est ce qui permettra d'ailleurs à la mère de Matahachi, Osugi, de le retrouver) Je n'ai jamais lu le roman, donc je ne sais pas comment se déroule sa fuite.
Musashi part donc sur les routes, défier les plus grands escrimeurs du pays. A part son père qu'il a peu connu, il n'a pas vraiment eu de maître pour lui enseigner "l'art" du combat. C'est la nature, où il a passé beaucoup de temps, qui lui a appris à se battre. Etonnamment, c'est plutôt efficace car il est très très, mais alors vraiment très fort. Si vous lisez le manga vous comprendrez. Il faisait des ravages avec un simple bâton(solide évidemment). Il jouit aussi d'une force musculaire énorme.
Pendant ce temps-là, Osugi part à la recherche de Takezo, pour le tuer, et ainsi venger le clan Hon'hiden qui a été totalement déshonoré par Matahachi. Elle croit que son fils est mort et elle juge Musashi responsable.
Quelques années plus tard, Takezo retrouvera par hasard Matahachi. Ce dernier, qui a mal tourné, en voyant que son ami d'antan est devenu célèbre, veut devenir lui aussi le plus grand escrimeur du pays, et se donne pour objectif de dépasser Musashi. Il se fait alors passer pour Kojiro Sasaki, et commence lui aussi à arpenter le pays à la recherche de son ami.
Miyamoto Musashi n'en finit pas d'être recherché, car Otsu s'y met aussi. Elle est déprimée et se rend compte qu'en fait c'est lui qu'elle aime, et pas Matahachi, qui l'a abandonnée.
Finalement, les destins hors-du-commun de Kojiro Sasaki (le vrai) et Musashi Miyamoto vont finir par se croiser. Et s'affronter... Mais ça, le manga ne le raconte pas encore, car la série n'est pas finie.
NOTE : Musashi a une soeur aînée, Ogin, qui n'apparait pas dans le manga.